1989 yılında İstanbul Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesinden mezun olan Naci Ağbal 1989 yılında Teftiş Kuruluna girmiş, 1993te Maliye Müfettişi olmuştur. 2003te Gelirler Genel Müdürlüğü Daire Başkanlığı görevine, 2007 yılında Bütçe ve Mali Kontrol Genel Müdürlüğüne atanmıştır. Bunun yanında Ekim 2008 yılında Bakanlar Kurulu kontenjanından YÖK Üyeliğine seçilmiştir.
12 Haziran 2009 tarihinde Maliye Bakanlığı Müsteşarlığına atanan Naci Ağbal, bu görevinden ve ayrıca YÖK genel kurulu üyeliğinden 2015 milletvekili seçimleri öncesinde aynı yılın Şubat ayında istifa etti. Adalet ve Kalkınma Partisinden Bayburt milletvekili seçilen Naci Ağbal, 13 Eylül 2015 tarihi itibariyle Adalet ve Kalkınma Partisinin Ekonomiden sorumlu Genel Başkan yardımcısıdır. Naci Ağbal evli ve iki çocuk babası olup, İngilizce bilmektedir.