1. Grupta Büyükehir Belediye Erzurumspor, 2. Grupta Etimesgut Belediyespor, 3. Grupta ise Kastamonuspor 1966nn dorudan 2. Lige çkt Spor Toto 3. Ligde, hafta sonu oynanan play-off final karlamalarnda da Zonguldak Kömürspor, Ofspor ve Nide Belediyespor adlarn 2. Lige yazdrd.
Turgutluspor, Gölbaspor, Arsinspor, Gaziosmanpaa, Ayvalkgücü Belediyespor, Zara Belediyespor, 1920 Maraspor, Sandklspor, çine Madranspor, TK Tavanl Linyitspor ve Körfez skenderunspor lige veda etmiti.
- Gelecek sezon Gelecek sezon (2016-2017) 55 takmn mücadele edecei ligde Spor Toto 2. Ligden düen Bayrampaa, Pazarspor, Orduspor, Kartalspor, Ankara Demirspor ve Tarsus dmanyurdunun yan sra Bölgesel Amatör Ligdeki mücadeleleri kazanan 12 Bingölspor, Elaziz Belediyespor, Erbaaspor, Türk Metal Krkkalespor, Afjet Afyonspor, Halide Edip Advarspor, Kütahyaspor, Mulaspor ve Kocaelispor da yer alacak. 2016-2017 sezonunda 33 ilden takmlarn mücadele edecei 3. Ligde stanbuldan 9, Kocaeliden 4, Bursa, Hatay ve zmirden ise üçer ekip yer alacak. Spor Toto 3. Lig, gelecek sezon biri 19, dierleri on sekizer takml 3 gruptan oluacak. Bu sezon terör olaylar nedeniyle maçlar ertelendikten sonra Türkiye Futbol Federasyonu Yönetim Kurulu tarafndan haklar dondurulan Cizrespor, gelecek sezon 19 takml grupta mücadele edecek.